Restaurar /var/cache

La unica forma que tienes es reinstalar los paquetes que han creado un subdirectorio debajo de cache, debes entonces correr lo siguiente para saber lo antes mencionado:

dpkg -S /var/cache

Y por último ejecutas lo siguiente para el paquete que haya creado un subdirectorio:

/var/cache, and apt-get --reinstall install NOMBRE_PAQUETE

Es importante mencionar que hay un archivo que no puede ser depurado el cual es este:

/var/cache/debconf/config.dat

para que lo tengas en cuenta