Hola, tengo un sitio web donde realice un intercambio de enlaces hace tiempo, la cuestión es que el link esta en el footer de dicho sitio, podra ser eso. ayuda!
Investiga esos enlaces. como te han dicho, si tiene pagerank cero o están penalizados elimina esos enlaces y con mas razón si estan en la home de tu web. Utiliza webmastertools la opcion Desautorizacion de enlaces malicosos para eliminar enlaces del buscador y eliminalos de tu web. Es la mejor opción.