Si quieres borrar los sitios visitados frecuentemente directamente desde la pantalla, debes seguir las siguientes indicaciones:
Lo primero que debes hacer es entrar en la web de Safari
Una vez aquí selecciona el símbolo de los dos cuadraditos sobrepuestos
Ahora debes seleccionar el símbolo de + que aparece en el centro inferior de la pantalla
Una vez aquí, debes presionar aquellos sitios que quieres borrar y proceder.
De este modo la sección de sitios visitados frecuentemente quedará limpia , espero que sea lo que buscas suerte.