Como puedo cambiar el valor de autoincrement

Para modificar el valor de un campo autoincrement de una tabla mysql debes hacer lo siguiente

ALTER TABLE ejemplo AUTO_INCREMENT=1000

En la tabla ejemplo cualquiera que sea la columna que tenga 'AUTO_INCREMENT' en sus propiedades, solo puede haber una, los nuevos registros comenzarán a partir de '1000' o cualquier número indicado, no es posible utilizar un valor ya existente.

No, no puedes tener dos campos autoincramentales ya que se generan automaticamente y esto queda registrado en los cambios de la tabla para saber cual es el proximo numero