Tengo una web con varios enlaces negativos y temo una penalización

Debes utilizar la herramienta Webmastertools la opción Disallow, esta herramienta sirve para quitarles valor a los enlaces que creemos que son malos para nuestra web y pedir que sean eliminados.

La herramienta para eliminar enlaces de webmastertools es para quitar enlaces del SERP que ya no utilices o bien den error o sean negativos. El eliminar un enlace no cambia nada mientras no elimines un enlace de peso o relevancia.