colocar instancia de una coleccion - duda

Depende de tu aplicación, sin embargo lo que yo hago es establecer un espacio de nombres para así colocar allí las colecciones y las vistas, te dejo como serían los pasos:

1- Espacio de nombre para tu aplicación:

var app = {};

2- clases de la colección dentro del espacio de nombre

app.ToDos = Backbone.Collection.extend({ ... });

3- Instancias de las colecciones:

app.todos = new app.ToDos();