puedes utilizar al herramienta HP USB Disk Storage Format Toolpara Windows que permite formatear y reparar discos usb en el caso de utilizar Linux puedes hacerlo con la herramientas dosfstools.
Gracias María, me vino genial, solo añado que me gustó mucho estos tutoriales para alguien que quiera hacer un USB que tenga arranque con Sistema Operativo: