Clonar fila con inputs con jquery

Según parece en tu código, copias la primera linea de una tabla la copias y añades al final de la tabla

tr.clone().appendTo(tabla).find(':text, :hidden').val('');

Esta linea te limpia solo la linea clonada, ya que estas haciendo referencia a ella.

Si quieres que te lo limpie en todas, simplemente pon:

$('#tabla').find(':text, :hidden').val('');