[Luis Roi]

¿Es posible en HTML5, sin ninguna librería externa tener múltiples capas en un elemento de tipo canvas?

[Silvia]

Que yo sepa no. Sin embargo puedes utilizar múltiples canvas y agruparlos unos encima de otros para lograr el efecto deseado.
Prueba esto que creo que es lo que necesitas.

<div style="position: relative;">
 <canvas id="capa1" width="100" height="100"
   style="position: absolute; left: 0; top: 0; z-index: 0;"></canvas>
 <canvas id="capa2" width="100" height="100"
   style="position: absolute; left: 0; top: 0; z-index: 1;"></canvas>
</div>

[Luis Roi]

Es justo lo que necesitaba. Un saludo.