No me aparece la opción de descargar o imprimir PDF en Internet explorer

Como no se me ocurre nada mejor te propongo como alternativa:

A) Comprueba en tu navegador que las barras de herramientas que tengas instaladas (Yahoo, Google, MSN...) no están bloqueando los elementos emergentes dentro de la página de la Agencia Tributaria. Ya sabes que se puede eliminar este tipo de barras desde el "Panel de Control", "Agregar o quitar programas".

Si estás utilizando Internet Explorer, comprueba también si existe la opción "Herramientas", "Bloqueador de elementos emergentes" y si es así asegúrate de que se encuentra desactivada.

B Accede de nuevo y de cero a tu expediente. Dentro del apartado "Historia del Expediente" abre el borrador y trata de grabarlo desde ahí.

C) Llama a la AEAT a su servicio de asistencia técnica informática en el teléfono 901 200 347 (o en el +34 91 453 56 65 exclusivamente para llamadas desde el extranjero), en el siguiente horario:

- Horario general: de 9:00 a 19:00 horas de lunes a viernes
- Horario especial: de 9:00 a 15:00 horas de lunes a viernes (27 de julio al 16 de septiembre)

D) O por último intenta gestionarlo y obtener el borrador a través de otro ordenador y grabarlo allí o en USB.

Suerte....

Has probado a alejar el navegador con manteniendo la tecla CONTROL y pulsa + (para acercar) y - (para alejar), a mi me pasó una vez que no se veía el pdf pero solo podía imprimirlo pulsando encima botón derecho / imprimir, pero al alejar un poco la vista del navegador me apareció el menú del adobe reader donde aparece descargar, imprimir etc.