Debes mirar como distribuiste los enlaces y el contenido, mira la web en distintas resoluciones, compara que cambio, elimina enlaces negativos, mira si el diseño no es basado en estética mas que en contenido. También es posible que hayas eliminado enlaces en tu actualización y eso este dando error míralo desde Webmastertools y con Analytics para ver los cambios antes y después de la actualización.